Le comité scientifique est constitué de professionnel, de biologiste et de scientifiques provenant de différentes organisations régionales.
M Marc Archer : Corporation de LACtivité Pêche Lac-St-Jean (CLAP)
M Pascal Sirois : Université du Québec à Chicoutimi (UQAC)
M David Cleary : Première Nation des Pekuakamiulnuatsh
Mme Anne Malamoud : Organisme de bassin versant Lac-Saint-Jean (OBVLSJ)
Mme Caroline Jolette : Responsable des travaux de stabilisation des berges (RTA)
Mme Véronique Tremblay : Ministère de l’Environnement et de la Lutte contre les changements climatiques (MELCC)
M Claude Pelletier : Société des établissements de plein air du Québec (SÉPAQ)
Mme Karine Gagnon : Ministère de la Faune, des Forêts et des Parcs (MFFP)
M Tommy Tremblay: Conseil régional de l’environnement et du développement durable du Saguenay-Lac-Saint-Jean (CREDD)
M Johnatan Doucet : MRC de Maria-Chapdelaine
Le comité scientifique a pour rôle de contribuer, entre autres, au déploiement de la Planification intégrée des ressources (PIDR) ainsi que réaliser des mandats de recherche concernant les aspects fauniques et environnementaux du lac Saint-Jean. Sa mission, ses objectifs et ses mandats sont prévus à l’Entente de principe.